居住在《關都地區》《真新鎮》的主人公小智十分熱愛寶可夢。\n在十歲生日那天，小智被允許可以以寶可夢訓練家的身份踏上旅程，但非常期待旅程到來的他卻在出發當天早上睡過了頭！\n雖然在出發的早上可以挑選同伴寶可夢，但留給小智的只剩下“皮卡丘”！而那皮卡丘也完全和小智熟絡不起來，它不願意進精靈球。雖然小智和皮卡丘之間的相處進行得不順利，但以某件事爲契機，他們終於相互承認對方是自己的同伴。\n他們從《關都地區》旅行到《橘子羣島》。然後小智與皮卡丘冒險之旅的舞台又轉到《城都地區》。在經過與許多不同的人及寶可夢的不斷邂逅與分離後，小智他們在激烈的寶可夢對戰中不斷成長。
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